Há quatro anos consecutivos, o Museu do Amanhã compensa suas emissões de gases de efeito estufa, seguindo as diretrizes que tornam o equipamento um exemplo mundial de sustentabilidade. Em 2020, a cerâmica Barbosa, em São Miguel do Guamá (Pará), recebeu os investimentos decorrentes da venda dos créditos de carbono, numa parceria do Santander e da Sustainable Carbon. Único museu brasileiro com selo ouro no Programa GHG Protocol, do Centro de Estudos em Sustentabilidade da Fundação Getúlio Vargas (FGV), o Amanhã comprou os créditos do empreendimento, que substituiu lenha nativa por combustíveis renováveis, como caroço de açaí e casca da castanha, em seus fornos. Os recursos irão para modernização, para o desenvolvimento da comunidade local e para a criação de cursos para os funcionários da cerâmica.

Em 2019, o Museu do Amanhã gerou 354,12 toneladas de CO2 equivalente, a quantidade anual mais baixa desde que abriu suas portas ao público. São contabilizados na conta fatores como o consumo de energia elétrica, viagens aéreas de colaboradores e convidados do Museu, uso do gerador a diesel e a geração de resíduos dentro e no entorno imediato do equipamento. Em 2020, o Museu do Amanhã incluiu na compensação o traslado da empresa que faz a destinação final dos resíduos potencialmente recicláveis, representando avanços na métrica para assegurar que o Museu do Amanhã é carbono zero.