A gestão do Museu do Amanhã é realizada pelo IDG - Instituto de Desenvolvimento e Gestão, desde sua abertura em dezembro de 2015. O IDG é uma organização social que desenvolve e gere projetos e equipamentos culturais e sócio-ambientais. É uma gestão baseada nos princípios da eficiência e da segurança jurídica e financeira, composta de vários conselhos e comitês que ajudam a orientar suas ações e atividades. Além dos inúmeros parceiros e patrocinadores, o Museu do Amanhã conta com apoiadores que participam do Programa de Amigos. É desenvolvido ainda um Programa de Vizinhos, que estimula os moradores da região portuária a participarem de suas atividades e permite que tenham acesso gratuito ao Museu.